I hele Norden finnes det bare 60-70 runebommer i museer og samlinger. Fra slutten av 1600-tallet ble det fart i misjoneringen blant samene. Misjonærene tok samenes gamle religion på alvor, og mente at de gudene samene tilbad ikke var andre enn djevelen og hans følgesvenner. Misjonærene mente at for at samene skulle greie å redde sine sjeler fra fortapelse måtte de oppgi all kontakt med disse onde maktene. Runebommene ble inndratt av myndighetene, og det ble forbudt å bruke dem. Samene måtte levere inn runebommene sine, slik at de kunne bli ødelagt.

De fleste runebommene ble på denne måten borte, men noen prester og embetsmenn tok vare på runebommene de samlet inn, og disse havnet med tiden i museer og private samlinger. Ikke alle runebommene ble levert inn av samene. Noen gjemte dem ute i naturen, slik som med runebomma på Nordlandsmuseet, for å kunne opprettholde kontakten med sine gamle guder i hemmelighet. Andre gjemte runebomma si slik at den ikke skulle falle i urette hender. Noen runebommer ble kanskje gjemt som et siste offer til de gamle gudene.